نفيد بالكشف عن وتوصيف الجينوم لفيروس الشيكونغونيا، وهو فيروس ناقل، خلال تفشي عام 2025 في بوليفيا. حددنا سلالة فيروس الشيكونغونيا المتداولة وديناميات الانتقال باستخدام المراقبة الجينية والتحليلات النشوية. تسلط نتائجنا الضوء على فائدة المراقبة الجينية المستمرة لرصد الفيروسات الناشئة.
فيروس الشيكونغونيا (CHIKV) هو فيروس RNA موجب، ينتمي إلى جنس ألفا فيروس (عائلة توغافيريداي)، وينتقل أساسًا بواسطة البعوض Aedes aegypti وA. albopictus. يتكون CHIKV من 3 سلالات رئيسية: سلالة غرب أفريقيا، السلالة الآسيوية، وسلالة شرق/وسط/جنوب أفريقيا (ECSA). تم إدخال السلالة الآسيوية إلى الأمريكتين في عام 2013، وتم إدخال سلالة ECSA في عام 2014. أدت هذه الإدخالات إلى ظهور السلالات الفرعية الآسيوية الأمريكية وECSA الأمريكية (1). يتميز التهاب الشيكونغونيا عادةً بمرض حمي حاد مع ألم مفصلي متعدد، على الرغم من أن الأعراض الشديدة، بما في ذلك المضاعفات العصبية، يمكن أن تحدث (1). عالميًا، انتشر CHIKV بشكل كبير، مع تقديرات بوجود 16.9 مليون حالة سنويًا وأكثر من 5.6 مليار شخص يعيشون في مناطق معرضة للخطر (1). تم الكشف عن السلالة الآسيوية الأمريكية لأول مرة في بوليفيا في عام 2015، تلتها تفشيات في 2016 و2017 (2). في عام 2025، حدث تفشي كبير لفيروس CHIKV في بوليفيا بعد عدة سنوات دون تسجيل أي حالات. شمل ذلك التفشي 4,696 حالة مؤكدة، وكانت معظم الحالات (90.8%) في سانتا كروز (3). يسلط هذا الانتعاش الضوء على ضعف المناطق التي تأثرت سابقًا أمام تفشيات جديدة من فيروس CHIKV ويؤكد أهمية المراقبة المستمرة.
شكل 1. التوزيع الجغرافي لجينومات فيروس الشيكونغونيا المتسلسلة في دراسة فيروس الشيكونغونيا في بوليفيا، 2025. تشير الألوان إلى النطاق الرقمي للجينومات لكل قسم.
هذا العمل هو جزء من المراقبة الجينية الروتينية للفيروسات الناقلة التي تم تنفيذها في بوليفيا. تم الحصول على العينات المستخدمة في هذه الدراسة بشكل مجهول من المواد التي تتجاوز تشخيصات الفيروسات الناقلة الروتينية ضمن شبكة مختبرات الصحة العامة في بوليفيا. للتحقيق في أصل وتاريخ انتقال التفشي في عام 2025، قمنا بتنفيذ المراقبة الجينية لـ CHIKV في بوليفيا. اخترنا 78 عينة إيجابية لاختبار PCR العكسي الكمي (دورة العتبة [Ct] < 30)، تم جمعها من فبراير إلى يونيو 2025 من 4 أقسام (تشوكيساكا، كوتشابامبا، سانتا كروز، وتاريا) لتحليلنا على أساس قيمة Ct والبيانات الوصفية المتاحة (شكل 1).
استخدمنا نهج PCR متعدد الإرسال لتكبير RNA الخاص بـ CHIKV (4)، وقمنا بتسلسل CHIKV باستخدام منصات Illumina (Illumina، https://www.illumina.com) وOxford Nanopore (Oxford Nanopore، https://nanoporetech.com). أنشأنا جينومات إجماعية باستخدام نهج دمج de novo والقائم على المراجع (5). أجرينا تحليلًا نشويًا باستخدام الجينومات من 78 عينة مختارة جنبًا إلى جنب مع 972 تسلسل ECSA المتاحة للجمهور من قاعدة بيانات المركز الوطني للمعلوماتية الحيوية، التي تضمنت تسلسلات كاملة، تاريخ العينة، والأصل الجغرافي. أجرينا محاذاة متعددة للتسلسلات باستخدام MAFFT (6)، واستنتجنا أقصى احتمالية p….